Tvář MicroStationu je uživatelům Windows povědomá a nijak nepřekvapující. Nástroje MicroStationu jsou soustředěny v panelech nástrojů, které obsahují ikony. Klepnutím na ikonu spustíte nástroj, MicroStation zpřístupní parametry (nastavení), které je nutné/možné pro správný běh nástroje zadat. Například klepnutím na ikonu s kolečkem spustíte nástroj na kreslení kružnic; poté zvolíte, jakým způsobem se bude kružnice konstruovat, a zadáte číselným údajem její poloměr. Nastavení parametrů MicroStationu se provádí v dialogových oknech. V nich lze nastavit, jak se má MicroStation chovat, co a jak má provádět, popř. jak má výkres na obrazovce vypadat, a jak se má tisknout. Výkres lze zobrazovat v (až) osmi pohledech; v každém pohledu je možné nastavit způsob zobrazení výkresu (velikost výřezu, viditelnost prvků, pravidla zobrazení prvků a ve 3D také natočení pohledu). Všechny otevřené pohledy jsou aktivní a vytvářet kresbu lze v kterémkoliv z nich.
Pracovní prostředí MicroStationu si uživatel může upravit dle vlastních nároků a potřeb - přidat položku do nabídky, sestavit panel s nejčastěji používanými nástroji, vytvářet vlastní nástroje jako posloupnost (jednoduchých) příkazů apod. Tyto úpravy lze provést pomocí přehledných dialogových oken a není třeba k nim mít žádné "speciální programátorské znalosti".