S nakreslenými prvky lze manipulovat - smazat, přesunovat, kopírovat, otáčet, zrcadlit, měnit velikost a vzhled, smazat část prvku, vložit/odebrat vrchol lomené čáry, mnohoúhelníku apod. Manipulace lze provádět buď s jednotlivými prvky, nebo s předem určenou množinou prvků - vybrané nebo ohraničené prvky. Množinu lze vybrat ručně (postupným určením jednotlivých prvků nebo skupin prvků), místně ("vše nalevo od nosné zdi/převodovky/Lhoty") nebo podle atributů prvku ("všechny červené kabely z vrstev 4 až 56"). Prvky lze do výběrové množiny přidávat/odebírat pouhým "přeškrtnutím", nebo ohraničením pomocí obdélníku či mnohoúhelníku. Speciální režim dovoluje prvky "přehodit" (pokud byly ve výběrové množině, tak je z ní odebrat, a naopak). Prvky ve výběrové množině lze zvýraznit určenou barvou nebo pomocí úchytů ve význačných bodech (úchyty umožňují provádět základní manipulace). Prvky lze šrafovat a vzorovat (vyplnit vzorkem, tj. buňkou). Šrafy/vzory mohou být asociativní, to znamená, že se "drží" prvku a automaticky se obnoví při změně tohoto prvku. Šrafování/vzorování je možné provádět metodou Vnitřek, kdy stačí ukázat dovnitř oblasti a hranice si MicroStation nalezne sám.
MicroStation obsahuje sadu kótovacích nástrojů. Kóty mohou být asociativní; při změně kótovaného prvku se kóta okamžitě přizpůsobí. Nastavení kót je velmi podrobné a lze je ukládat do knihovny kótovacích stylů.