Při práci ve 3D lze používat všechny postupy ze 2D, navíc je k dispozici sada 3D základních prvků (kvádr, koule, kužel, válec, anuloid, výseč). Prvky lze vytvářet i vytažením nebo rotací rovinného profilu.
MicroStation/J pracuje s B-spline plochami (včetně NURBS). B-spline plochy lze konstruovat různými způsoby: zadáním řídící sítě, rovinnými řezy, hranami, splynutím dvou prvků. Plochy je možné zaoblovat, splývat, spojovat, měnit jejich obrysy, vyřezávat do nich díry atp.
MicroStation/J využívá technologie SmartSolids(TM), která byla vytvořena na základě objemového modelovacího jádra Parasolid. Pomocí speciálních nástrojů lze tělesa pronikat, sjednocovat, (od sebe) odečítat. Je možné vytvářet skořepiny/dutiny, vrtat otvory (profil je určen pomocí rovinného prvku), odstraňovat a přemisťovat líce těles, zaoblovat a zkosit hrany těles.